一度なりすましをされると、パスワードと違って指紋を変更することが難しいという欠点もある。
それと、指紋登録時に、第三者が不正に登録される可能性がある。指紋を偽造するより、ソーシャルエンジニアリングにて手続きを偽造するほうが簡単だからだ。だから、指紋登録時には、複数人の立会にて慎重にセキュリティチェックをする必要がある。
 また、指紋は認証情報が表面に出る。そうならいような生体認証である静脈認証や虹彩認証の活用も少しずつ増えている。